Le pape est exfiltré de Rome par le général Radet en 1809

Le souverain pontife refuse d’adhérer au blocus continental mis en place par Napoléon  : « Votre Sainteté est souveraine de Rome, mais j’en suis l’Empereur; tous mes ennemis doivent être les Siens », écrit Napoléon au pape le 13 février 1806. Les États de l’Église sont bientôt rognés sous de vagues prétextes et Rome est occupée militairement le 2 février 1808.

Napoléon justifie l' occupation par des motifs historiques et politiques , sachant que l'entourage du Pape entretient des contacts avec les Anglais:

– Il est précisé que lorsque les papes souverains devinrent temporels par Charlemagne, ils restèrent vassaux de l’Empire… Et Pie VII refusa ce principe. Charlemagne, dans sa générosité envers les papes, eut pour but le bien de la chrétienté. Et Pie VII voulut s’allier avec les protestants ( NDLR les Anglais)  et ennemis de la chrétienté, avec prières récitées à Rome.

Ainsi donc, le chef de la religion catholique, persistant dans son incohérence, négocia avec eux, lorsque, d’après les lois de l’Église, il dut s’éloigner d’eux et les excommunier.

– Les armées françaises furent à Naples et dans le nord de l’Italie, puis furent coupées par les États pontificaux. La première pensée était de laisser la puissance temporelle au pape, comme le fit Charlemagne, en lui demandant de contracter, comme souverain, une alliance offensive et défensive avec le royaume de Naples et celui d’Italie. Pie VII refusa.
Ainsi, les Anglais pouvaient se placer face aux armées françaises, couper les communications, établir à Rome le centre de leurs complots, et cette ville serait devenue le refuge des brigands. De cette conséquence, l’occupation française à Rome était nécessaire.

Les États pontificaux sont annexés à l’Empire (17 mai 1809). En réaction, le pape lance une bulle d'excommunication contre  Napoléon . Le pape est enlevé par le général Radet dans la nuit du 5 au 6 juillet 1809.
Pie VII est d’abord détenu à Savone (1809-1812), puis à Fontainebleau devant des risques d'enlèvement par les Anglais (1812-1814). Napoléon envisage  en 1813 de refixer le siège de la papauté en France, à Avignon .